Správne modelovanie skladovania PCB je základom presných výsledkov simulácie. Nie všetky zásobníky sú vytvorené rovnaké; presné materiály, vlastnosti a rozmery použité na výrobu dosky musia byť špecifikované, aby výsledky simulácie zodpovedali skutočnej doske plošných spojov. Tieto informácie zvyčajne nie sú správne v databáze PCB prijatej od dizajnérov rozloženia a často sa menia, keď je na zostavenie dosky vybraný konkrétny výrobca.
Editor skladovania HyperLynx umožňuje dizajnérom spravovať dáta skladovania, aby sa uistilo, že odrážajú dosku tak, ako bude zostavená. Môžu zobrazovať a upravovať vlastnosti každej vrstvy nezávisle, určovať drsnosť stopových povrchov a zmeny geometrií stopovania ako výsledok výroby. Editor skladovania HyperLynx dokáže importovať dáta skladovania priamo z Z-Zero Z-Planner, čo umožňuje dizajnérom vybrať materiály z veľkej databázy materiálov a modelovať efekty rôznych schém zostavenia dosiek.
